Selanjutnya dilakukan pengembangan pada Tahap II dengan anggaran TA 2023 sebesar Rp22,7 miliar untuk pembangunan rest area, pagar kawasan, jalan beton, lansekap, signage nama PLBN, perkuatan lereng, mebelair, dan selasar bangunan inti.
Pekerjaan fisik Tahap II telah dimulai oleh Balai Prasarana Permukiman Wilayah (BPPW) NTT, Ditjen Cipta Karya sejak Mei 2023 dengan kontraktor pelaksana PT Metro-Konstruksi Jaya (KSO). Saat ini progres konstruksi telah mencapai 95% dan ditargetkan tuntas pada 30 Januari 2024.
Pembangunan PLBN Napan ini diharapkan dapat meningkatkan kualitas kawasan perbatasan di Provinsi Nusa Tenggara Timur sehingga menjadi kawasan perbatasan yang berdaya saing dan dapat mengurangi disparitas, khususnya di wilayah 3T (terdepan, terluar dan tertinggal).
PLBN Napan terletak di Desa Napan, Kecamatan Bikomi Utara, Kabupaten Timor Tengah Utara yang berjarak sekitar 200 km dari Kota Kupang sebagai Ibu Kota Provinsi NTT dan dapat ditempuh sekitar 5 jam via jalur darat.
