Untuk mendukung implementasi program, telah dibentuk Kelompok Kerja (Pokja) di tingkat pusat dan Komite Program Provinsi (PPC) di daerah, yang bertanggung jawab atas perencanaan dan koordinasi.
Program SKALA memiliki struktur kelembagaan yang jelas, dengan peran masing-masing pihak dalam memastikan keberlanjutan dan efektivitas program.
Di tingkat pusat, Pokja dibagi dalam tiga bidang utama: regulasi dan kebijakan layanan dasar, teknis penyediaan layanan di daerah, serta partisipasi pembangunan inklusif. Sementara di tingkat provinsi, Komite Program diketuai bersama oleh Sekretaris Daerah Provinsi dan perwakilan Kedutaan Australia.
